Hráč má k dispozici pro postup ve hře jako obvykle pestrou paletu různých akrobatických a bojových schopností, které jsou rozšířeny o možnost používání speciální rukavice, ale i společnice Eliky, která vám bude velmi nápomocná nejen při překonávání překážek.

Hlavním postavou této hry již není princ, nýbrž dobrodruh putující od dobrodružství k dobrodružství, nezajímající se o nic jiného než o zábavu a starající se pouze o přítomnost. Příběh začíná setkáním „Prince“ s dívkou jménem Elika během písečné bouře kdesi v poušti, kdy ji hlavní hrdina zachrání před pronásledovateli. Dívka našeho mladíka přesvědčí, aby ji následoval do paláce, do nějž přicházejí ve chvíli, kdy Eliky otec (král) rozsekne strom života, díky čemuž se na svět dostane temný bůh Ahriman, snažící se svou temnotou pohltit celý širý svět. Jeho zastavení a záchrana světa, není samozřejmě na nikom jiném než na naší ústřední dvojici.

Děj
Příběh dvou trůnů navazuje na alternativní konec (konec, který jste viděli, pokud jste našli všechny fontánky) druhého dílu. Princ se vrací spolu s Kaileenou do Babylonu na loďce, která je nedaleko od břehu zasypána sprškou šípů a nakonec i potopena kamenem vystřeleným z katapultu. Prince moře vyplaví na břehu, ale Kaileena je unese starým známým nepřítelem, vezírem, který je naživu díky tomu, že písky času nikdy nevznikly. Vezír probodne Kaileenu dýkou času a tím opět vypustí Písky času, jež znovu začnou přeměňovat vše živé. Tentokrát však „nákaze“ neunikne ani princ, jemuž zásah rozdvojí mysl na temné a světlé já. Cesta za pomstou opět může začít.

Celý příběh hry se točí kolem vzácné Dýky času, kterou hlavní hrdina získá během otcova tažení na Mahárádžovo sídlo. Spolu s dýkou jsou v Mahárádžově paláci ještě nalezeny přesýpací hodiny, které jsou spolu s několika ženami (i s Maháradžovou dcerou Farah) odvezeny jako pozornost sultánovi. Proradný vezír (bývalý Maháradžův rádce), v touze po dýce času, přesvědčí prince, aby zasunul onu dýku do hodin. Ten pro vidinu získání obrovské bohatství, tak i přes protesty Farah učiní, což povede doslova k rozpoutání pekla. Všichni obyvatelé krom tria ústředních postav jsou náhle přeměněni na písečná monstra. Princ, vědom si své tragické chyby se vše snaží napravit, zachrání Farah a vydá se na cestu za záchranou království, lemovanou mnoha nepřáteli a pastmi. Aby odčinil svou chybu, musí opět umístit dýku času do přesýpacích hodin, které však vezír ukryl ve věži.